早打卡两分钟被扣半天工资不合理。根据《劳动法》，公司规章制度应合理，扣款需有依据。此情况未达迟到标准，扣款过重，可能影响员工权益及工作积极性。
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早打卡被扣工资，应这样处理：1.与人事沟通，说明情况，要求按规章制度合理处理，避免过重处罚。2.若沟通无果，收集证据，如打卡记录、工资条等，向劳动监察部门投诉。3.若投诉未解决，准备材料，如劳动合同、考勤制度等，申请劳动仲裁，维护合法权益。
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处理方式有协商、投诉、仲裁。可先与公司人事协商，协商无果则向劳动监察部门投诉，仍无法解决可申请劳动仲裁，根据《劳动法》维护自身权益。