工期没做满扣工资是否合法需视情况而定。若违反公司规定且规章制度合法，扣工资不违法；若无正当理由，则不合法，依据《劳动法》。严重情况下，非法扣工资可能导致劳动者生活困难，引发劳动争议，甚至法律纠纷。
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工期未满扣工资需分情况。操作如下：1. 若因个人原因未完成，且制度合法，可接受扣罚，但应不低于最低工资；2. 若被无故扣工资，先与用人单位沟通，无果则向劳动监察投诉；3. 若造成损失被扣工资，确保扣减不超月工资20%，并逐月扣除。
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处理工期没做满扣工资问题，常见方式有协商、投诉、仲裁。首先尝试与用人单位协商；协商无果可向劳动监察部门投诉；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据具体情况选择合适方式。