如果营运车被误登记为非营运车，从保险费用方面来看，车主可能会支付较低的保费。但根据《交强险条例》规定，只要车辆存在营运情况，就应视为营业货车。若投保人未如实告知车辆的真实使用情况，保险公司有权在发现后要求重新核定保费，这可能导致保费上调。因此，车主应确保车辆登记信息准确，以避免后续保费纠纷。
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为避免营运车与非营运车保险费用上的误判，车主应明确车辆的使用性质，并在投保时如实告知保险公司。若车辆有时营运有时自用，也应向保险公司说明，以便保险公司准确核定保费。同时，保险公司也应加强审核，确保车辆登记信息与投保信息一致。
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从法律角度，确保车辆保险费用合理性需做到以下几点：一是车主应了解并遵守《交强险条例》等相关法律法规，明确车辆使用性质与保险费用的关系；二是投保时应如实告知车辆信息，避免隐瞒或误导；三是保险公司应依法履行审核义务，确保保费核定准确无误；四是双方发生争议时，可通过法律途径解决，维护自身合法权益。